预安装
需要 gcc,g++,gfortran 的编译环境. 如果服务器还没有安装, 可以挂载 CentOS 镜像文件自制软件源. 然后:
- sudo yum install gcc
- sudo yum install gcc-c++
- sudo yum install gfortran
编译安装 cmake
安装 gromacs5.0.7 时需要用 cmake 编译. cd 到 cmake 安装包所在的路径. 依次执行以下指令:
- tar -xvf cmake-3.12.1.tar.gz #解压安装包
- cd cmake-3.12.1
- ./Bootstrap --prefix=/home/softwares/cmake-3.12.1 #指定安装路径
- make
- make install #用 make 编译安装 cmake
然后设置系统环境变量
vi ~/.bashrc
在文末添加
PATH="$PATH:/home/softwares/cmake-3.12.1/bin/:."
不要忘记 source ~/.bashrc
最后可以用 which cmake 检测一下 cmake 是否安装成功.
编译安装 openmpi
为了能够并行运行 gromacs5.0.7, 需要安装 openmpi.
cd 到 openmpi 软件包所在的目录, 再依次执行以下命令:
- tar -xzvf openmpi-3.1.1.tar.gz #解压安装包
- cd openmpi-3.1.1
- ./configure --prefix=/home/softwares/openmpi-3.1.1 #指定安装路径
- make -j 8
- make install #编译安装
设置系统环境变量
vi ~/.bashrc
文末添加
- export PATH=$PATH:/home/theqmy/softwares/openmpi-3.1.1/bin
- export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/theqmy/softwares/openmpi-3.1.1/lib
- source ~/.bashrc
最后可以用 which mpirun 检测一下 openmpi 是否安装成功.
编译安装 fftw3
fftw3 是 gromacs 必须的数学运行库, 在线安装 groamcs 的时候可以自动安装 fftw3. 因为服务器没有连外网, 需要手动编译安装.
先 cd 到安装包所在目录, 再依次执行以下命令:
- tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz #解压安装包
- cd fftw-3.3.8
- ./configure --prefix=/home/softwares/fftw-3.3.8 --enable-float --enable-shared --enable-sse2 #设定安装路径及其他一些乱七八糟的功能
- make
- make install #编译安装
设置系统环境变量
vi ~/.bashrc
文末添加
- export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/softwares/fftw-3.3.8
- export CPPFLAGS=-I/home/softwares/fftw-3.3.8/include
- export LDFLAGS=-L/home/softwares/fftw-3.3.8/lib
- source ~/.bashrc
编译安装 gromacs
最后安装 gromacs5.0.7.cd 到安装包所在目录, 依次执行以下命令:
- tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz #解压
- cd gromacs-5.0.7
- mkdir build
- cd build
- cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/theqmy/softwares/gromacs-5.0.7 -DFFTWF_LIBRARY="/home/softwares/fftw-3.3.8/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/home/softwares/fftw-3.3.8/include/" -DGMX_MPI=on #指定安装路径, fftw 库的路径, 及是否并行
- make -j 8
- make install #编译安装
设置系统环境变量
vi ~/.bashrc
文末添加
- source /home/theqmy/softwares/gromacs-5.0.7/bin/GMXRC
- source ~/.bashrc
最后可以用 gmx_mpi 检测是否安装成功.
附上需要的安装包
链接: https://pan.baidu.com/s/1xct7KYwpZV4P1gtFT9RHsQ 提取码: 83tf
来源: http://www.jianshu.com/p/ced9efb7072e