./velvetg directory [options]
directory:工作路径名
Standard options:
-cov_cutoff <floating-point|auto>:移除低覆盖率的node,默认不移除
-ins_length <integer>:two paired end reads之间的期望距离,默认no read pairing
-read_trkg <yes|no>:在集合中对short read位置进行跟踪,默认不跟踪
-min_contig_lgth <int>:导出到contig.fa文件中的最小contig长度,默认为hash长度的2倍
-amos_file <yes|no>:导出到AMOS文件中,默认不导出(no)
-exp_cov <floating point|auto>:唯一区域的期望覆盖率
Advanced options:
-ins_length2 <int>:两个paired-end reads在第二个short-read数据集中的期望距离,默认否
-ins_length_long <integer>:两个long paired-end reads的期望距离,默认否
-ins_length*_sd <int>:数据集的标准差,默认corresponding length的10%(*代表:nothing,2,_long)
-scaffolding
-max_branch_length
-max_pergence
-max_gap_count
-min_pair_count <integer>:构成两个长contigs的paired end的最小值,默认10
-max_coverage <floating point>:在tour bus后移除高覆盖率的node
-long_mult_cutoff <int>:合并contig的long reads的最小值,默认2
-unused_reads <yes|no>:将不用的reads导出到UnusedReads.fa文件中,默认否
-alignments <yes|no>:导出一个主要的contig并和参照序列对其,默认否
来源: http://www.bubuko.com/infodetail-1954777.html